医院设有儿科、脑病科、神志病科、肿瘤科、骨伤科、耳鼻喉科、风湿病科、外科、妇科、急诊科、肺病科、脑病科、肾病科、血液病科、肛肠科、疼痛科、眼科、脾胃病科、药剂科、检验科、功能科、病理科等临床和医技科室。其中，医院拥有卫生部国家临床重点专科3个，国家中医药管理局重点学科2个，国家中医重点专科6个，上海市优势专科2个，上海市传统医学示范中心1个，上海市中医预防保健示范单位1个。另外，设有上海市中医药研究院中医儿科研究所，并与上海市中医药研究院老年病研究所合作成立中医老年病转化医学研究中心，还与上海市中医药学会合作成立上海名老中医学术经验研究中心。