2003年12月原常熟市中医院和常熟市妇幼保健院合并重组，成立常熟市中医院（新区医院、妇保院），2004年10月28日迁址于市黄河路6号正式营业。医院占地6.8万平方米（103亩），建筑面积5.8万平方米；主体建筑由15层住院大楼、4层门诊楼和2层急诊楼组成，辅以药剂（制剂）楼、高校实习生宿舍及后勤设施用房，总投资1.88亿元。 目前医院是一所具有较强医疗技术、教育和科研能力的、有中医特色和妇幼保健为一体的二级甲等医院，江苏省高校实习基地，南京中医药大学附属医院，卫生部国际救援中心认定的“国际紧急救援中心网络医院”及联合国儿童基金会和世界卫生组织命名的“爱婴医院”。2006年11月顺利通过南京中医药大学附属医院的专家评审验收。 医院设置床位550张，实际开放床位730张，设有内、外、妇、产、儿（新生儿）、肛肠、骨伤、重症监护、康复等19个病区，全院在岗职工1025人，其中卫技人员818人。全院拥有省名中医3人、有博士学位3人、硕士学位18人、在读博士1人、在读硕士3人、主任医师10人，副高级以上职称84人，南京中医药大学兼职教授8人，副教授37人。 目前，医院拥有国家级中医重点专科建设单位肛肠科，苏州市重点中医专科骨伤科，常熟市重点专科肛肠科、妇科、产科、肾内科，常熟市重点专科建设单位骨科、消化内科。 医院拥有MRI、、螺旋CT、DR、IRCONOS-R200数字胃肠机、X光摄片机、多通道CR系统、乳腺X光机、C臂X光机，曲面断层全景Ｘ光机、彩色多普勒B超机、全自动生化仪自动生化分析仪AU2700+ISE自动干式生化仪五分类全自动血细胞分析仪全自动酶免分析仪全自动发光免疫分析仪放射免疫血气分析仪中央心电监护仪24小时动态心电血压监护仪Storz腹腔镜、施乐辉腹腔镜、膀胱镜系统、神经外科手术显微镜Hi-R-1000、眼科手术显微镜M841、胎儿监护网络系统、Wolf宫腔镜，进口血透机、血液滤过、CRRT、单人高压氧舱、脑电分析仪、动态脑电图仪、多导睡眠呼吸监测仪、重症监护呼吸机、麻醉机、中药煎煮和中药自动包装机、中药饮片加工、制剂加工等大型医疗设备及制药器械。 2012年，医院门急诊92.09万人/次，住院病人27827人/次，业务收入40617.81万元。