我院是集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型三级甲等中医院，是国家卫生计生委国际紧急救援中心网络医院、国家爱婴医院、国家药物临床试验机构和省级重点中医院建设单位。2012年医院成为北京中医药大学非直属附属医院，步入了新的发展阶段。

医院现分江北南桥寺院部和渝中区道门口院部，占地163亩，建筑面积近11万平方米，在建面积1.24万平方米，三期工程规划建筑面积5万平方米。现编制床位1800张，临床科室32个，医技科室10个。年门诊量130万人次，年出院病人约4万人次。有国家临床重点专科5个（皮肤科、针灸科、肿瘤科、肾病科、护理学），国家中医药管理局重点建设学科1个（中医皮肤学科）；国家中医药管理局重点专科及建设培育项目10个（皮肤科、针灸科、肿瘤科、肾病科、妇科、脑病科、肛肠科、骨伤科、肝病科、护理学）；国家中医药管理局重点研究室1个（湿疹中医外治法重点研究室）、二级实验室2个（生化实验室、免疫微生物实验室）；卫生部诊断鉴定机构1个（化妆品皮肤病鉴定机构）；重庆市市级临床重点专科1个（麻醉科）；重庆市中医重点学（专）科12个（皮肤科、针灸科、肿瘤科、肾病科、妇科、脑病科、肛肠科、骨伤科、肝病科、风湿病科、儿科、眼科），重庆市中西医结合医疗中心3个（中西医结合皮肤病防治中心、中西医结合脑血管病康复治疗中心、颈腰腿痛治疗中心）；重庆市医疗质量控制中心2个（皮肤科医疗质量控制中心、美容皮肤科医疗质量控制中心）；院内研究所3个（皮肤病研究所、针灸研究所、古验方与中药制剂研究所）；是重庆市中医特色诊疗工程技术中心、重庆市博士后科研工作站、重庆市中医护理临床技术指导中心。医院设有中国中医药文献检索中心重庆分中心、全国针灸临床中心重庆分中心，办有《中国中医急症》杂志。重庆市中医药学会、重庆市中西医结合学会、重庆市针灸学会和重庆市中医药行业协会均挂靠在医院。