第359医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的“三级乙等”综合型医院。现展开床位500张，分设12个病区24个科室，其中有全军及军区级专科中心3个，拥有头体伽玛刀、1.5T西门子磁共振、全身螺旋CT、DSA、全自动生化分析仪、800毫安X线机、CR、DR、C臂X线机、彩色B超、电子胃镜、胸腹腔镜、血透机、高档口腔治疗椅、烤瓷机、微波刀、全自动血液回输机等大型医疗设备900多台（件），总价值1亿余元。 第359医院年均门诊收治军地病人20万人次，住院治疗10,000人次，手术8000人次。医院现有工作人员600名，其中高中级职称人员80名。有19名专家担任全国、全军和军区专业学术组织领导职务。其中：原骨科主任、主任医师邬华彬担任全国小儿麻痹研究会会长；原口腔科主任、主任医师周平担任全军牙病防治领导小组副组长、南京军区口腔专业组组长；原副院长、主任医师周存余担任南京军区耳鼻喉科专业委员会副主任委员；原骨科主任、主任医师张雪非担任军队肢体残疾康复委员会副主任委员；骨科主任、主任医师刘方刚担任南京军区骨科专业委员会副主任委员；内一科主任、主任医师慈书平担任南京军区睡眠呼吸疾病治疗中心主任；理疗科主任、副主任医师钱兴皋担任南京军区理疗康复专业委员会副主任委员；原院长刘文华担任军队医院管理委员会委员、南京军区医疗质量管理委员会副主任委员。 第359医院是安徽医科大学临床学院，第二军医大学、第四军医大学、东南大学医学院、江苏大学医学院、皖南医学院等十余所院校的教学医院，同时为第四军医大学、东南大学骨科研究生实践基地和全军交通医学研究所镇江临床基地，先后接收进修、实习学生1463人次，培养博士、硕士研究生180余名。建院以来,医院共完成国家和军队下达的医疗科研课题113项，获得科研资助基金1000万元，在军地省部级学术刊物上发表论文1353篇，获国家、军队和省部级医疗成果、科技进步奖84项：其中，国家科技进步奖1项，军队科技进步奖与医疗成果2等奖7项，获得实用新型专利17项，出版专著40部，举办军地各种类型医学培训85个班次，开展院管课题435项。 建院45年来，逐步完成了骨科、口腔科、急救医学3个重点学科的建设工程；创立了肝病（癌）、鼾症治疗；血透、重症急救、伽玛刀和中成药制剂等医疗特色科室。医院骨科担负着南京军区骨科研究所和全军肢体伤残治疗中心的医疗重任；口腔科承担着南京军区口腔中心和全军牙病防治中心的康复保健任务。医院先后被国家和军队授予“扶残助残先进集体”“全国残疾人三项康复工作先进单位”“全军文明卫生先进单位”“全国残疾人康复工作先进集体”“全军为部队服务先进医院”“江苏省精神文明建设工作先进单位”等荣誉称号。 1985年，骨科和口腔科分别被南京军区确定为重点科室。1989年11月被南京军区确定为“矫形外科专科中心”“口腔颌面外科专科中心”。2000年12月，骨科升格为“南京军区骨科研究所”，2006年3月被总后勤部卫生部升格为“全军肢体伤残治疗中心”。2002年，口腔科被南京军区升格为“军区口腔医学中心”，2006年5月被总后卫生部确认为“全军牙病防治指导中心”。医院以骨科研究所和口腔颌面外科专科中心为龙头，带动其他科室建设与发展。首先是与骨科和口腔颌面外科密切相关的科室得到了发展。1999年，医院组建了急救中心，改造了急诊设施，购置了多套医疗抢救设备，并建立了“绿色通道”。医院还会同镇江市、丹徒区等交巡警部门和沪宁高速公路等单位建立了“军民共建”及其业务联系，制定互动公约。通过上述有效措施，使急救中心抢救成功率大幅度提升，工作效率明显提高，抢救人数日益增加。